واحد پژوهش این مرکز از سال 1383 فعالیت خود را در جهت بسط و نهادینه کردن پژوهشهای کاربردی در عرصه مدیریت سلامت آغاز نموده است.
این واحد از طریق فراهم نمودن تسهیلات مالی ، تجهیزاتی و ارائه مشاوره های علمی از انجام طرحهای تحقیقاتی که در چارچوب اولویت های مرکز باشند حمایت می نمایند. حاصل این تلاشها تاکنون انتشار بیش از 200 مقاله در مجلات معتبر داخلی و خارجی می باشد.